长期以来，中心一直遵循务实的、与时俱进的科学管理与运行机制，对促进中心的全面发展起到了积极的支撑作用，但在国家实施创新驱动发展战略、深化科技体制改革的大背景下，从政府层面提出的新型科研机构成为了新时期深化科技体制改革的“尖兵连”，中心更需顺势而为，以科学发现、技术发明和产业发展为基本理念，契合当代科学、技术和产业融合发展的趋势，进一步加快机构体制机制创新，创立“三发联动”的新型科研格局，为科技成果的快速产业化探索出一条全新的出路，从而成为区域创新体系的重要构成，为区域科技与经济发展发挥重要作用。具体措施有：
第一，完善科研布局，前瞻性并重。在科研布局方面，中心坚持以国家战略需求与市场需求为导向，以“提高我国科技持续创新能力，发展高科技，实现产业化”为指导方针，继续完善行业关键共性技术和应用技术研发兼顾的纳米技术研发平台。
一方面，中心广泛地整合资源，组织力量积极申报国家有关重点研究计划，对申报成功的项目制定务实的管理制度，确保项目顺利实施，并在项目实施中凝练和培育关键的共性技术；另一方面，中心通过建立专门的技术服务部门，积极与企业交流合作，为企业提供专业的技术服务，有条件的与企业建立联合研究中心或产业化基地等产学研用平台，以促进开发市场急需的应用技术与产品，建立了以“技术研发与服务为抓手、促进成果应用与产业化”的发展理念。
第二，完善科研管理体系，提高项目管理能力。中心根据科技与市场发展的需求，对已建立的科研管理制度不断进行完善，以适应国家和上海市对科技和经济发展的需求，多年来中心在拟定的科研项目管理系统的指导下，项目管理能力得到了不断提高。
一方面，中心科研项目管理系统以科研项目流程为核心，全方位管理各类科研项目在申报、项目合同拟定、项目开题、项目实施、实验记录、验收申请、成果总结、科技档案、项目经费预算，以及项目分类、数据汇总与分析和科研效益计算等方面的管理。通过这些管理，中心承担的各类项目基本都得到了高效地科学管理和控制，提高了项目的管理效能，也为项目管理人员和研发人员提供了更为规范化、科学化、精细化的引导和控制，既满足中心领导和科研决策者对科研活动的宏观管理与决策需要，也满足各部门或个人对科研项目的查询和管理，解决了中心领导、研发部领导、项目负责人、财务人员、采购人员、知识产权负责人以及项目承担人员等各方对项目情况的把握。另一方面，通过项目管理系统的建立与完善，推进了内部汇报制度的落地。目前中心的研发进度与效率得到了大幅提升，科研档案的质量也得到了全面提升，研发成本得到了有效控制。
第三，加强实验过程管理，完善质量管理体系。自建立以来，中心就非常重视测试技术与服务部的质量管理体系的建设，可以说，质量管理体系建设与中心的发展同步。
中心于2011年建立了初步的质量管理体系，引入ISO17025和ISO9001质量管理标准和方法，先后获得了“资质认定计量认证”证书和“实验室认可”证书。经过近五年的建设和运行，质量管理体系得到了进一步的完善和健全，中心质量管理工作取得的效果成为中心各部门学习的标杆。在多次开展的“资质认定计量认证”和“实验室认可”的复评审和扩项评审中，中心拥有的资质从最初的16项，递增到目前的31项，充分说明了中心质量管理工作始终在向高标准方向迈进。
目前中心在质量管理体系方面，又顺利通过了ISO9001质量管理认证。在科学研究、分析检测、内务管理及后勤保障等各方面构建了符合中心发展的质量管理体系，并制订了相关内容的质量手册、程序文件和操作标准等作业性文件，将中心各项工作都纳入了质量管理体系控制范围，进行科学的标准化、制度化、规范化管理，这些管理在工作中的落实，必将全面提升中心科研质量和服务管理水平。
