实验室是中心科研与成果产出的重要基地。中心实验室的管理与建设工作，在一定意义上是衡量中心科研实力和人才培养质量的重要标志。伴随着中心基础建设工作的完成，实验室建设不断加强，实验室管理的规范也在不断深化。
中心自2008年就开始通过科学规范化的手段进行实验室的管理，委派专人负责建立实验室各类管理制度，对实验室日常试验、设备操作、记录、安全等各方面开展对新进入员工的全面培训。近期还结合实验设备的采购工作，就设备的规范化管理、校准及维护等专题展开探讨，为规范合理的完成实验室建设奠定基础。
与此同时，中心也积极开展对外服务工作，并对人员、技术、环境和仪器设备等进行综合管理。为确保中心对外出具数据和检测结果的公正可靠性，中心于2008年开始着手准备实验室认可和资质认定工作。中心依据国际标准ISO/IEC 17025：2005《检测和校准实验室认可准则》和《实验室资质认定评审准则》建立了严谨的质量体系，通过质量手册-程序文件-作业指导书等层层规范化文件的约束以及有计划的技术管理培训，规范中心科学实验和对外测试服务等工作。
2009年7月，为了加速实验室认可和资质认定工作的推进，中心各实验室均委派不同专业员工参加实验室认可内审员或评审员的培训，并都顺利取得了内审员和评审员资格。下一步，中心要求实验室在加强科研产出的同时，将进一步加强对外服务工作。通过开展一系列的“人员、设备、环境、方法、样品、文件及记录”等管理培训，全面提高中心员工的自我管理能力，提高对外服务水平，提升中心知名度，更好的发挥国家工程研究中心的“工程验证和咨询服务”职能。
